Perpustakaan “Sultan Agung” SMA Negeri 1 Pleret berada dibawah naungan sekolah. Perpustakaan SMA Negeri 1 Pleret berdiri bersamaan dengan berdirinya gedung sekolah pada tahun 1981, Pada awalnya bangunan perpustakaan berada di sebelah selatan lapangan upacara yang sekarang digunakan untuk ruang wakil kepala sekolah. Pada tahun 2016 gedung perpustakaan dipindahkan ke lantai 2 disebelah selatan masjid dan mulai tahun 2019 pindah ke ruang bagian depan di lantai 1 sampai saat ini. Perpustakaan Sultan Agung berupaya untuk meningkatkan kualitas pelayanan dan kepuasan pengguna dengan mdengan menerapkan otomasi perpustakaan berbasis SLiMS sejak Mei 2014 dan terus mengikuti perkembangan update software tersebut sampai saat ini yaitu SLiMS versi 8 Akasia. Penerapan sistem otomasi tersebut diharapkan dapat meningkat kan efektifi tas bagi pustakawan dan pemustaka dalam melakukan pelayanan perpustakaan.
koleksi yang dimiliki perpustakaan tidak hanya koleksi cetak, namun juga terdapat koleksi non-cetak seperti CD dan e-book . Perpustakaan juga menyediakan fasilitas komputer dan akses internet kepada pengguna untuk melakukan penelusuran informasi ke sumber-sumber elektronikn (e-resources) yang di but uhkan. Semua itu di maksudkan agar perpustakaan SMAN 1 Pleret dapat menjadi sumber informasi dan sumber inspirasi masa depan bagi civitas SMAN 1 Pleret. Dengan demikian potensi pengguna dapat dikembangkan secara maksimal.